از عوارض بای پس معده می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

در بای پس معده، بخش عمده ای از معده از مسیر عبور غذا میانبر و حذف می‌شود و چون با استپلر و منگنه دوخته و بریده میشود هرگز دسترسی معمول بداخل آن وجود نخواهد داشت و لذا انجام اقداماتی نظیر آندوسکوپی در این قسمت از معده ممکن نخواهد بود. در موارد معدود و درشرایط خاصی که با ریسک هایی هم همراه است ممکن است بتوان با آندوسکوپی معکوس از طریق قوس روده ای که بای پس را انجام داده ایم بتوان وارد معده بزرگتر ( معده باقیمانده و غیرفعال) شد و آنرا بررسی نمود. بنا براین، این عمل روش مطلوبی برای افرادی که سابقه سرطان معده در اقوام درجه یک خود را داشته اند نیست. در برخی افراد، پس از مدتی، بدلیل ورود ناگهانی غذای از دهان و مری بداخل معده بسیار کوچک و سپس روده باریک، این قسمت از معده کوچک و نیز ابتدای روده ای که با معده متصل شده است، بتدریج بزرگتر میشود و فرد با افزایش خوراک و دفعات آن، افزایش وزن پیدا میکند. ورود غذاهای شیرین و با تراکم مولکولی بالا ( هایپراسمولار )، که بسرعت از معده کوچکتر به داخل روده باریک وارد میشود، میتواند منجر به کاهش ناگهانی قند خون و سندروم دامپینگ شود. در این سندروم، فرد احساس تپش قلب، رنگ پریدگی، درد کرامپی شکم و افت فشار و لختی و سستی میکند و تا نیمساعتی یا بیشتر ادامه خواهد یافت تا اینکه یک لقمه غذا یا مایع غیرقندی خورده شود و بتدریج حال عمومی فرد بهبود یابد. ازجمله عوارض دیگر این عمل، ایجاد فتق داخلی در اثر کوچک شدن شکم و بافت چربی لابلای روده ها و ایجاد فضاهای جدید و حفراتی است که در زمان چاقی وجود ندارد و چون روده باریک در دونقطه قطع و دوباره دوخته میشود امکان ورود قوسهایی از روده باریک در داخل این فضاها و حفرات بصورت فتق داخلی هست و لذا همیشه باید در هنگام عمل، بعنوان پیشگیری، نواحی محتمل در ایجاد فتق را دوخت و با بخیه آنهارا بست. ازآنجا که در بای پس کلاسیک معده دو نقطه از روده باریک بریده و جابجا میشود بنحوی که یک سر آن به معده کوچکتر و سرِ دوم روده به خود روده مجددا دوخته میشود، احتمال بروز عوارضی چون تنگی محل دوخت( آناستوموز ) و یا نشت محتویات غذایی و صفراوی از لابلای منگنه ها و یا بخیه های دست دوز هست و در اینگونه موارد باید بسرعت دست بکار شد و بیمار را مجددا عمل جراحی نمود تا از عوارض وخیم بیشتر جلوگیری کرد. عمل بای پس معده برخلاف اسلیو معده که غیرقابل اصلاح و بازگشت است میتواند با یک عمل جراحی نه چندان ساده، دوباره اصلاح و تقریبا به همان صورت اولیه بازگردد.